Fluorochrome




Un fluorochrome ou fluorophore est une substance chimique capable d'émettre de la lumière de fluorescence après excitation. Ce sont des substances composées de plusieurs noyaux aromatiques conjugués ou encore des molécules planes et cycliques qui possèdent une ou plusieurs liaisons π.




Sommaire






  • 1 Applications


  • 2 Liste de fluorophores


    • 2.1 Fluorophores conjugués


    • 2.2 Alexa Fluor dyes (lié à un anticorps)[1]


    • 2.3 Cy Dyes[2]


    • 2.4 Marqueurs des acides nucléiques


    • 2.5 Marqueurs de fonctions cellulaires


    • 2.6 Protéines fluorescentes




  • 3 Notes et références


  • 4 Voir aussi





Applications |


L'utilisation de fluorochromes en biologie moléculaire est un peu plus récente que celle d'isotopes radioactifs. Elle a l'avantage de donner des résultats très rapidement, voire immédiatement, en s'affranchissant des longs temps d'exposition requis pour la technique par radioactivité. La fluorescence a le désavantage de ne pas être permanente, l'intensité de la fluorescence diminuant avec le temps jusqu'à devenir indétectable.


On utilise divers fluorochromes en fonction des applications. Leur emploi à la technique du séquençage a permis d'automatiser et de mettre au point les séquenceurs de gènes modernes, ayant servi aux projets de séquençage de génomes entiers. On doit utiliser quatre fluorochromes différents pour discriminer les quatre bases de l'acide désoxyribonucléique.


L'utilisation de la fluorescence en couplage avec une machine à PCR (thermocycleur) est un développement récent. On appelle ces machines « appareil de PCR en temps réel ». Le fluorochrome le plus utilisé est le Sybr-green.


Les fluorochromes sont utilisés dans plusieurs marquages immunologiques : cytométrie en flux, immunofluorescence. Les plus utilisés sont la phycoérythrine (PE), Fluorescéine isothiocyanate (FITC), la gamme d'Alexa Fluor, la Protéine fluorescente verte (green fluorescent protein, GFP).



Liste de fluorophores |



Fluorophores conjugués |



































































































































































































fluorophore
 λexcitation
(nm)
 λémission
(nm)
 PM
 Notes
Numéro CAS
Hydroxycoumarin
 325
 386
 331
 Succinimidyl ester
43070-85-5
Aminocoumarin
 350
 445
 330
 Succinimidyl ester
30230-57-0
Methoxycoumarin
 360
 410
 317
 Succinimidyl ester
Cascade Blue
 (375) ; 401
 423
 596
 Hydrazide
Pacific Blue
 403
 455
 406
 Maleimide
Pacific Orange
 403
 551


1122414-42-9
Lucifer yellow
 425
 528


82446-52-4
NBD
 466
 539
 294
 NBD-X
R-Phycoerythrin (PE)
 480 ; 565
 578
 240 k

11016-17-4
PE-Cy5 conjugates
 480 ; 565 ; 650
 670
aka Cychrome, R670, Tri-Color, Quantum Red
PE-Cy7 conjugates
 480 ; 565 ; 743
 767


Red 613
 480 ; 565
 613
PE-Texas Red
PerCP
 490
 675
Peridinin chlorphyll protein
TruRed
 490, 675
 695
PerCP-Cy5.5 conjugate
396076-95-2
FluorX
 494
 520
 587
 (GE Healthcare)

Fluorescéine
 495
 519
 389
 FITC ; pH sensitive
2321-07-5

BODIPY-FL
 503
 512


165599-63-3
TRITC
 547
 572
 444
 TRITC
107347-53-5
X-Rhodamine
 570
 576
 548
 XRITC
Lissamine Rhodamine B
 570
 590


3520-42-1

Texas Red
 589
 615
 625
 Sulfonyl chloride
82354-19-6
Allophycocyanin (APC)
 650
 660
 104 k

874103-50-1, 874103-51-2
APC-Cy7 conjugates
 650 ; 755
 767
PharRed


Alexa Fluor dyes (lié à un anticorps)[1] |



































































































































































fluorophore
 λexcitation
(nm)
 λémission
(nm)
 PM
 Quencher
Numéro CAS
Alexa Fluor 350
 343
 442
 410

244636-14-4
Alexa Fluor 405
 401
 421
 1028

791637-08-6
Alexa Fluor 430
 434
 540
 702

Alexa Fluor 488
 499
 519
 643
 QY 0.92
247144-99-6
Alexa Fluor 500
 503
 525
 700

798557-08-1
Alexa Fluor 514
 517
 542
 714

798557-07-0
Alexa Fluor 532
 530
 555
 724
 QY 0.61
247145-11-5
Alexa Fluor 546
 561
 572
 1079
 QY 0.79
247145-23-9
Alexa Fluor 555
 553
 568
 1250
 QY 0.1
644990-77-2
Alexa Fluor 568
 579
 603
 792
 QY 0.69
247145-38-6
Alexa Fluor 594
 591
 618
 820
 QY 0.66
247145-86-4
Alexa Fluor 610
 610
 629
 1285

900528-62-3
Alexa Fluor 633
 632
 648
 1200

477780-06-6
Alexa Fluor 647
 652
 668
 1300
 QY 0.33
400051-23-2
Alexa Fluor 660
 663
 691
 1100

422309-89-5
Alexa Fluor 680
 680
 702
 1150

422309-67-9
Alexa Fluor 700
 696
 719
 1400

697795-05-4
Alexa Fluor 750
 752
 776
 1300

697795-06-5
Alexa Fluor 790
 782
 804
 1750

950891-33-5


Cy Dyes[2] |



























































fluorophore
 λexcitation
(nm)
 λémission
(nm)
 PM
 Quencher
Cy2
 489
 506
 714
 QY 0.12
Cy3
 (512) ; 550
 570 ; (615)
 767
 QY 0.15
Cy3B
 558
 572 ; (620)
 658
 QY 0.67
Cy3.5
 581
 594 ; (640)
 1102
 QY 0.15
Cy5
 (625) ; 650
 670
 792
 QY 0.28
Cy5.5
 675
 694
 1128
 QY 0.23
Cy7
 743
 767
 818
 QY 0.28


Marqueurs des acides nucléiques |



































































































































































fluorophore
 λexcitation
(nm)
 λémission
(nm)
 PM
 Notes
Numéro CAS
Hoechst 33342
 343
 483
 616
 AT-selective
23491-52-3
DAPI
 345
 455
AT-selective
Hoechst 33258
 345
 478
 624
 AT-selective
23491-45-4
SYTOX Blue
 431
 480
 ~400
 DNA
396077-00-2
Chromomycin A3
 445
 575
CG-selective
7059-24-7
Mithramycin
 445
 575


18378-89-7
YOYO-1
 491
 509
 1271

143413-85-8

Bromure d'éthidium
 493
 620
 394

1239-45-8
Acridine Orange
 503
 530/640
DNA/RNA
65-61-2
SYTOX Green
 504
 523
 ~600
 DNA
194100-76-0
TOTO-1, TO-PRO-1
 509
 533
Vital stain, TOTO : Cyanine dimère
TO-PRO : Cyanine monomère




Thiazole Orange
 510
 530



Iodure de propidium
 536
 617
 668.4

25535-16-4
LDS 751
 543 ; 590
 712 ; 607
 472
 DNA (543ex/712em), RNA (590ex/607em)
7-AAD
 546
 647
7-aminoactinomycin D, CG-selective
SYTOX Orange
 547
 570
 ~500
 DNA
TOTO-3, TO-PRO-3
 642
 661


DRAQ5
 647
 681, 697
 413
 (Biostatus) (usable excitation down to 488)


Marqueurs de fonctions cellulaires |



















































fluorophore
 λexcitation
(nm)
 λémission
(nm)
 PM
 Notes
Numéro CAS
Indo-1
 361/330
 490/405
 1010
 AM ester. Low/High Ca++,
96314-96-4
Fluo-3
 506
 526
 855
 AM ester. pH > 6
123632-39-3
DCFH
 505
 535
 529
 2'7'Dichorodihydrofluorescein, oxidized form
106070-31-9
DHR
 505
 534
 346
 Dihydrorhodamine 123, oxidized form, light catalyzes oxidation
70672-08-1
SNARF
 548/579
 587/635
pH 6/9
153967-04-5


Protéines fluorescentes |






















































































































































































































































































































































































































































































































































































































































fluorophore
 λexcitation
(nm)
 λémission
(nm)
 PM
 QY
 BR
 PS
 Notes
Numéro CAS
Y66H
 360
 442





Y66F
 360
 508





EBFP
 380
 440
0.18
 0.27
monomère
EBFP2
 383
 448

20
monomère
Azurite
 383
 447

15
monomère
GFPuv
 385
 508





T-Sapphire
 399
 511
0.60
 26
 25
 weak dimère
Cerulean
 433
 475
0.62
 27
 36
 weak dimère
mCFP
 433
 475
0.40
 13
 64
 monomère
ECFP
 434
 477
0.15
 3


CyPet
 435
 477
0.51
 18
 59
 weak dimère
Y66W
 436
 485





mKeima-Red
 440
 620
0.24
 3
monomère (MBL)
TagCFP
 458
 480

29
dimère (Evrogen)
AmCyan1
 458
 489
0.75
 29
tetramère ; (Clontech)
mTFP1
 462
 492

54
dimère
S65A
 471
 504





Midoriishi Cyan
 472
 495
0.9
 25
dimère (MBL)
Wild Type GFP
 396, 475
 508
 26k
 0.77



S65C
 479
 507





TurboGFP
 482
 502
 26 k
 0.53
 37
dimère ; (Evrogen)
TagGFP
 482
 505

34
monomère (Evrogen)
S65L
 484
 510





Emerald
 487
 509
0.68
 39
 0.69
 weak dimère ; (Invitrogen)
S65T
 488
 511





EGFP
 488
 507
 26 k
 0.60
 34
 174
 weak dimère ; (Clontech)
Azami Green
 492
 505
0.74
 41
monomère (MBL)
ZsGreen1
 493
 505
 105 k
 0.91
 40
tetramère; (Clontech)
TagYFP
 508
 524

47
monomère (Evrogen)
EYFP
 514
 527
 26k
 0.61
 51
 60
 weak dimère ; (Clontech)
Topaz
 514
 527

57
monomère
Venus
 515
 528
0.57
 53
 15
 weak dimère
mCitrine
 516
 529
0.76
 59
 49
 monomère
YPet
 517
 530
0.77
 80
 49
 weak dimère
TurboYFP
 525
 538
 26 k
 0.53
 1.65
dimère ; (Evrogen)
ZsYellow1
 529
 539
0.65
 13
tetramère ; (Clontech)
Kusabira Orange
 548
 559
0.60
 31
monomère (MBL)
mOrange
 548
 562
0.69
 49
 9
 monomère
1114839-60-9
mKO
 548
 559
0.60
 31
 122
 monomère
TurboRFP
 553
 574
 26 k
 0.67
 62
dimère ; (Evrogen)
tdTomato
 554
 581
0.69
 95
 98
 tandem dimère
1114838-94-6
TagRFP
 555
 584

50
monomère (Evrogen)
1114840-48-0
DsRed monomère
 556
 586
 ~28 k
 0.1
 3.5
 16
 monomère ; (Clontech)
DsRed2 (« RFP »)
 563
 582
 ~110 k
 0.55
 24
(Clontech)
mStrawberry
 574
 596
0.29
 26
 15
 monomère
TurboFP602
 574
 602
 26 k
 0.35
 26
dimère; (Evrogen)
AsRed2
 576
 592
 ~110 k
 0.21
 13
tetramère ; (Clontech)
mRFP1
 584
 607
 ~30 k
 0.25

monomère ; (Tsien lab)
J-Red
 584
 610
0.20
 8.8
 13
 dimère
mCherry
 587
 610
0.22
 16
 96
 monomère
HcRed1
 588
 618
 ~52 k
 0.03
 0.6
dimère ; (Clontech)
Katusha
 588
 635

23
dimère
mKate (TagFP635)
 588
 635

15
monomère (Evrogen)
TurboFP635
 588
 635
 26 k
 0.34
 22
dimère ; (Evrogen)
mPlum
 590
 649
0.10
 4.1
 53

mRaspberry
 598
 625
0.15
 13
monomère ; faster photobleach than mPlum


Notes et références |




  1. ↑ (Molecular Probes).


  2. ↑ (GE Heathcare).



Voir aussi |



  • Chromophore

  • Puce à ADN





















v · m

Fluorophores
Protéines fluorescentes
.mw-parser-output .sep-liste{font-weight:bold}
GFP · RFP · CFP · YFP · BFP
 FPbeachTsien.jpg
Marqueurs fluorescents des acides nucléiques

Bromure d'éthidium · DAPI · Iodure de propidium
Marqueurs fluorescents des acides aminés Isothiocyanate de fluorescéine


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